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string网站怎样进行蛋白对接的扩充

软件 2024-04-25

string网站怎么导出蛋白连接的表格

首先打开数据库,会显示出主页如图所示。左侧有输入选项,可以根据你感兴趣单个或多个蛋白的名字,序列去搜索。以蛋白名字为例,输入EGFR蛋白,并且选择数据来源为人。然后点击search搜索即可。 接下来会出现如下图所示的界面,点击continue继续即可。 点击继续后即可出现如下图所示的结果,即为与EGFR存在相互作用的蛋白网络。在相互作用网络下方可以看到有一些选项,包括viewers,legend,settings,analysis,exports等等。 Viewers选项是提供结果呈现的不同形式。 ①Network形式就是上图所展示的蛋白相互作用网络。 ②Cooccurrence形式视图显示了

如何使用string数据库预测蛋白质相互作用

可参考如下方法: 1) 系统发生谱 这个方法基于如下假定:功能相关的(functionally related)基因,在一组完全测序的基因组中预期同时存在或不存在,这种存在或不存在的模式(pattern)被称作系统发育谱;如果两个基因,它们的序列没有同源性,但它们的系统发育谱一致或相似.可以推断它们在功能上是相关的。 2) 基因邻接 这个方法的依据是,在细菌基因组中,功能相关的基因紧密连锁地存在于一个特定区域,构成一个操纵子,这种基因之间的邻接关系,在物种演化过程种具有保守性,可以作为基因产物之间功能关系的指示。这个方法似乎只能适用于进化早期的结构简单的微生物。所以在人的蛋白质相互作用预测时

分子和蛋白对接不上怎么办

分子和蛋白对接不上的解决办法:

转移缓冲液中加入20%甲醇,因为甲醇可降低蛋白质洗脱效率,但可增加蛋白质和NC膜的结合能力,甲醇可以防止凝胶变形,甲醇对高分子量蛋白质可延长转移时间;转移缓冲液加入终浓度0.1%SDS,也是为了增加转移效率;用优质的转移膜使用戊二醛交联;低浓度胶,如低至6%。

化学成分

鸡子白至少有3层,外层及内层都比较稀薄,中层约占全鸡子白的65%,因为其中约含0.3%的纤维状粘蛋白,故较粘稠,而内外2层则含此种粘蛋白极少。

每100克含蛋白质10克,脂肪0.1克,碳水化物1克,灰分0.6克;钙19毫克,磷16毫克,铁0.3毫克,核黄素0.26毫克,尼克酸0.1毫克;维生素A及C缺如;硫胺素0.216微克/克,泛酸<1微克/克,对氨基苯甲酸0.055(干卵白)微克/克。

在ncbi上我搜到了一个蛋白~我如何知道这个蛋白有没有3d结构?

所有的蛋白都有3D结构。如果想看的话可以在ncbi该蛋白的基因页面里找到UniProtKB的链接,再从UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。


不放心的话,可以在string啦,或者其他的数据库中找相关的链接,看看有没有PDB的相关标号,就是4位由数字和字母混合成的晶体结构标号。

几方面一综合,就知道有没有了。不过如果不是关键蛋白质的话不要抱太大的希望,结晶难度很大,所以存在的晶体结构不是很多的,没有晶体结构的3D结构都是预测或者推测的,不作数。

NCBI上对于这些同源蛋白的名字已经有了明确的规定了,可以去NCBI上搜索这些蛋白,结果里会包含这些蛋白的详细信息,包括碱基序列,氨基酸序列等。

string怎样做蛋白互作网络分析

简单说就是用抗体去ip(免疫沉淀)你的蛋白,然后从沉淀中分理出dna拿去测序。这样就知道蛋白和哪一段dna作用了。 具体的,要看你做什么了,染色体结构,转路因子,还是rna,都可以。

标签:理工学科 生物学 未分类 编程语言 信息技术

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